Aguateca se ubica encima de un risco de piedra caliza en el extremo sur de la laguna. Fue redescubierta en el año 1957 y ha sido objeto de excavación y restauración desde entonces.

Aguateca y Dos Pilas eran capitales gemelas de una poderosa dinastía que descendía de Tikal. Los primeros asentamientos datan del período Preclásico Tardío (alrededor de 300 B.C - 350 A.D, pero su apogeo fue entre los años 600 y 830 A.D. En el año 700 A.D, el enfoque cambio de Dos Pilas a Aguateca, según lo determinado por las estelas de la zona. Aproximadamente en el año 810, Aguateca fue atacado y quemado. Debido a las excavaciones de residencias, parece que el sitio fue abandonado rápidamente. La caída rápida de Aguateca a menudo se compara con Pompeii, ya que ambos sitios han proporcionado a los arqueólogos con una gran cantidad de información.

Una muralla rodea la ciudad. En el centro está el Palacio Grupo, que probablemente fue un complejo residencial real y la Plaza Principal. Una calzada conecta los dos grupos de ruinas. Los artefactos encontrados dentro de los edificios hacen alusión a los residentes, estos incluyen adornos de huesos, collares de piedras verdes y ollas de alta calidad. Una zona cerca de la calzada tiene estructuras que pudieron haber sido utilizadas como talleres mayas. Herramientas, huesos, conchas, pieles y metates (una herramienta de piedra utilizada para el procesamiento de semillas y grano), todo esto se ha encontrado aquí.

Aproximadamente a 2.5 millas (4 km) al norte de Aguateca se ubica Punta de Chimino, una península que se utilizó para la última batalla contra los invasores. La península tiene una vegetación espesa y un entorno precioso junto al lago.