Los descendientes de la dinastía de Tikal fundaron Dos Pilas alrededor del año 629. Este movimiento probablemente fue un intento de controlar el comercio de la región, en particular el comercio a lo largo del río La Pasión. Dos Pilas y la ciudad cercana de Aguateca eventualmente fueron dirigidas por la misma dinastía y actuaron como capitales dobles.

La historia de este sitio es larga y épica. Implica rivalidad familiar, la traición, batallas y alianzas matrimoniales. El conflicto en curso en la región finalmente llevó a Dos Pilas a ser abandonado en el año 761. Gran parte de lo que se conoce acerca de Dos Pilas proviene de las estelas y escalinatas jeroglíficas que fueron descubiertos aquí.

Los locales de Sayaxché redescubrieron las ruinas en 1953. Arqueólogos guatemaltecos y americanos comenzaron las excavaciones en 1989.

Las ruinas de Dos Pilas son mediocres, lo cual es el resultado de gran parte de la destrucción del sito cerca del final de su reinado. Aun así, hay escaleras jeroglíficas inusuales y estelas talladas alrededor de la plaza principal. También, aquí fueron descubiertos un palacio y tumbas.

Se puede llegar a Dos Pilas en barco desde Sayaxché. Desde el comienzo del sendero, se trata de una caminata de tres horas a lo largo de 7.5 millas (12 km) que conduce hacia el sitio. Es posible ir en caballos o mulas en el recorrido. En el camino, pasará por los sitos mayas más pequeños como en Tamarindito y Arroyo. Además, Dos Pilas se puede acceder tomando ambas carreteras, pavimentas y de lastre a través de la comunidades pequeñas Las Pozas y El Nacimiento. Desde el Nacimiento son 1,8 millas (3 kilómetros) caminando hacia Dos Pilas.