El sistema de drenaje del río La Pasión y sus afluentes cubren un área de 1.930 km2 (5.000 km2), por lo que es una línea divisora importante en esta región. La afluente que comienzan en Alta Verapaz alimenta el río, que con el tiempo se une con el río Salinas para formar el río Usumacinta y drenan en el Golfo de México.

Para los viajeros, la importancia principal del río es el sitio arqueológico que se encuentran cerca de sus orillas. El Río La Pasión fue una ruta comercial importante para los mayas y ayudó a establecer una serie de ciudades significativas a lo largo de la cuenca del río, incluyendo Cancuén y Ceibal, el último de los cuales fue un trascendental centro ceremonial. Muchos viajes corren a lo largo del río La Pasión a través del pueblo de Sayaxché, incluyendo excursiones tanto a Ceibal como a Dos Pilas.

El río también es muy biodiverso, alberga 45 especies de peces endémicos y tiene cerca de 300 especies de aves endémicas que viven cerca de sus fronteras. Además, 150 plantas medicinales se pueden encontrar en los bosques que crecen junto al río.