Aunque la mayor parte de las estructuras de Topoxte son de origen Posclásico Tardío, Topoxté probablemente fue habitado desde tiempos del Preclásico. Los artefactos de cerámica y sitios de entierro indican que los Itzá estaban en contacto con otras tribus mayas de las tierras altas de Guatemala durante este período.

Sin embargo, Topoxté fue más importante durante el período Posclásico, cuando probablemente jugó un papel en las rutas comerciales entre las tierras altas mayas y la Península de Yucatán. Las tres islas principales fueron habitadas durante este tiempo y mucha de la construcción se llevo a cabo. Se cree que el sitio fue abandonado alrededor de 1450 d. C, aunque no se conoce la razón exacta de su abandono.

Topoxté ha sido estudiada durante todo el siglo XX, pero en realidad no inicio su proceso de restauración hasta principios de 1990. Muchos templos y plazas están siendo restaurados, el más notable de todos es el Templo Pirámide C. Esta estructura es el único edificio Posclásico en Petén. Se comparten características similares con otras estructuras en las tierras altas de Guatemala y la Península de Yucatán, sus tres niveles se rematan con un portal sostenido por dos pilares.

Durante su visita en Topoxté, los viajeros también podrán observar una gran variedad de flora y fauna. Los cocodrilos y tortugas se pueden ver tomando el sol a lo largo de las costas de las islas, y los pájaros carpinteros se pueden observar anidando en los árboles. En algunas ocasiones también se ven los monos aulladores.