Puerto Maldonado es una opción maravillosa para los viajeros que tienen un tiempo limitado o presupuesto. Es accesible fácilmente desde Cusco y tiene albergues de calidad en la selva circundante. Los visitantes tendrán buenas oportunidades de ver la vida silvestre, incluyendo monos, aves, caimanes, tortugas y capibaras.

Dos áreas protegidas se distribuyen alrededor de Puerto Maldonado. La Reserva Nacional Tambopata que es de 679.500 acres (275.000 hectáreas) protege el bosque lluvioso hasta llegar a la frontera con Bolivia. Actúa como una zona de amortiguamiento alrededor del Parque Nacional Bahuaja Sonene, que es de aproximadamente 2,5 millones de acres (1.000.000 ha) de extensión.

El hospedajes en la selva se ubica en dos áreas principalmente a lo largo del borde de la Reserva Nacional Tambopata. Un grupo esta a una hora en barco por el río Madre de Dios desde Puerto Maldonado. El otro grupo esta aproximadamente a 3 horas hasta el Río Tambopata.

Cuando los visitantes llegan al aeropuerto de Puerto Maldonado por lo general el hotel donde se hospeden le brindará transporte en lancha. El hospedaje es muy cómodo y ofrece a los viajeros un acceso íntimo con la selva amazónica. La mayoría ofrece viajes y actividades, incluyendo observación de aves, pesca de piraña y caminatas naturalistas. Los precios por lo general incluyen transporte, alojamiento y comida.

Puerto Maldonado inicialmente fue desarrollado como resultado del auge del caucho en el siglo XX. Tras el fin de la época del caucho, la tala y la minería de oro se convirtieron en las industrias dominantes y en la actualidad aun continúan, aunque el turismo está empezando a desempeñar un papel cada vez más importante.

El nombre de la ciudad es en realidad el resultado de dos exploradores que ambos tenían el mismo apellido Maldonado y exploraron el Río Madre de Dios. Juan Álvarez Maldonado fue un explorador español que vino aquí en 1567 en búsqueda de oro. Llegó hasta el Río Heath, actualmente la frontera boliviana, pero perdió más de 200 hombres y regresó a Cusco varios meses más tarde medio enloquecido y afirmo haber encontrado una ciudad rica en la selva. Varios siglos después, el coronel Faustino Maldonado regresó a la zona con el objetivo de mapear la región. Murió a lo largo del Río Madre de Dios, pero grabó su nombre en un árbol en la intersección entre Madre de Dios y el río Tambopata, que es donde ahora se encuentra el pueblo.