Los vuelos domésticos pueden ser una forma conveniente y asequible de movilizarse en Ecuador. Los vuelos domésticos pueden salvarlo de largos viajes en autobús y a menudo vale la pena el dinero extra, especialmente cuando el itinerario de tiempo para el viaje es limitado.

Los aeropuertos nacionales de Ecuador se ubican en Quito y Guayaquil, así como en Santa Cruz y San Cristóbal en las Islas Galápagos. Otros destinos con vuelos domésticos son: Cuenca, Manta, Loja, Esmeraldas, Portoviejo, Macas, Machala, Coca y Tulcán.

Si es posible, reserve con suficiente anterioridad los vuelos domésticos, ya que los asientos se pueden llenar velozmente. Algunos vuelos como esos a las Galápagos y el Amazonas tienen tarifas especiales para los ecuatorianos.