Más del 20% de todas las especies de mamíferos son murciélagos nocturnos. A medida que te acercas al ecuador desde las regiones templadas (como la de los Estados Unidos), los murciélagos hacen importantes contribuciones a la riqueza de especies entre los mamíferos. En los trópicos, hay más grupos de alimentos disponibles durante todo el año, lo que permite a las especies de murciélagos especializar su dieta en torno a frutas, néctar, pescado, sangre o carne.

Aparte de los murciélagos, los mamíferos en Costa Rica tienen un papel ecológico que no tienen paralelo en las zonas templadas. Entre los mamíferos están los monos (4 especies), el oso hormiguero (3 especies), perezosos (2 especies), y muchos roedores como el agutí o paca. Algunos mamíferos como la danta y el jaguar, son extremadamente tímidos, por lo que lograr un avistamiento es extremadamente raro.